เพื่อให้การดำเนินงานมีทิศทางที่ชัดเจน และสามารถนำไปสู่การบรรลุวิสัยทัศน์ ได้กำหนดเป้าประสงค์ของการดำเนินงานในปีงบประมาณ 2560-2565 โดยพิจารณาถึงด้านการพัฒนาและขยายโครงข่ายรถไฟฟ้า ด้านการเงินและการดำเนินธุรกิจ ด้านความต้องการผู้มีส่วนได้ส่วนเสียในด้านต่างๆ ด้านการเรียนรู้ และด้านประสิทธิภาพในการดำเนินงาน จำนวน 9 เป้าประสงค์ ได้แก่

    1. มีโครงข่ายรถไฟฟ้าครอบคลุมพื้นที่กรุงเทพมหานครและเมืองหลักของประเทศ
    2. มีผู้ใช้บริการรถไฟฟ้า รฟม. เพิ่มขึ้นตามเป้าหมาย
    3. รถไฟฟ้า รฟม. มีโครงข่ายการเชื่อมต่อกับระบบขนส่งมวลชนอื่นๆ เพิ่มมากขึ้น
    4. มีช่องทางการสร้างรายได้เพิ่มมากขึ้น
    5. เป็นองค์กรที่มีการบริหารจัดการการเงินที่มีประสิทธิภาพ
    6. มีบริการที่หลากหลาย และสามารถตอบสนองความต้องการของสังคมเมือง
    7. รถไฟฟ้า รฟม. เป็นส่วนสำคัญในการยกระดับคุณภาพชีวิตของชุมชน
    8. เป็นศูนย์กลางการเรียนรู้ และการให้คำปรึกษาด้านรถไฟฟ้าขนส่งมวลชน ในระดับประเทศและเตรียมความพร้อมมุ่งสู่ระดับภูมิภาคอาเซียน
    9. เป็นองค์กรที่มีประสิทธิภาพสูง (High Performance Organization) ด้วยนวัตกรรมและมีธรรมาภิบาลที่ดี