ในการดำเนินงานของ รฟม. มีคณะกรรมการ รฟม. เป็นผู้กำหนดนโยบายและกำกับดูแลกิจการของ รฟม. ดังนั้นเพื่อให้การดำเนินงานของ รฟม. เป็นไปตามวัตถุประสงค์อย่างมีประสิทธิภาพสอดคล้องกับแนวนโยบายของรัฐบาล คณะกรรมการ รฟม. จึงได้กำหนดนโยบายเพื่อใช้เป็นแนวทางการปฏิบัติงานและเพื่อการกำกับดูแลการดำเนินงานไว้ ดังนี้

1. ให้บริการรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนด้วยความสะดวก รวดเร็ว ปลอดภัย ตรงเวลา ประหยัด โดยคำนึงถึงความพึงพอใจของผู้ใช้บริการแต่ละกลุ่ม
2. ให้ดำเนินงานตามหลักธรรมาภิบาล มีความรับผิดชอบต่อสังคมและสิ่งแวดล้อม รวมถึงให้ความสำคัญต่อการป้องกันและลดผลกระทบต่างๆ ที่อาจจะเกิดขึ้นจากการดำเนินงานขององค์กร โดยเฉพาะอย่างยิ่งผลกระทบต่อประชาชนในขั้นตอนการก่อสร้าง
3. ให้เร่งรัดดำเนินโครงการรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนสายต่างๆ ตามที่ได้รับมอบหมายให้แล้วเสร็จเปิดบริการได้ตามแผนงาน และในการศึกษาระบบรถไฟฟ้าส่วนต่อขยายและในเมืองหลักอื่น ให้คำนึงถึงความคุ้มค่าในการลงทุน นอกจากนี้ให้ศึกษาองค์รวมครอบคลุมระบบเชื่อมต่อ (feeders) เพื่อให้ประชาชนสามารถเข้าถึง (access) ระบบรถไฟฟ้าฯ ได้อย่างมีประสิทธิภาพด้วย โดยอาจผนวกการดำเนินการเข้าในแผนลงทุนของ รฟม. ด้วย
4. ให้บริหารสินทรัพย์ ดำเนินธุรกิจต่อเนื่อง และให้บริการเสริมต่างๆ เพื่อเพิ่มรายได้และลดภาระการสนับสนุนจากภาครัฐ รวมทั้งแก้ไขข้อปัญหาการใช้พื้นที่เชิงพาณิชย์ 
5. ให้ประชาชนมีส่วนร่วมในการดำเนินงาน และนำข้อคิดเห็นของประชาชนมาพัฒนาและปรับปรุงการดำเนินงานขององค์กร
6. ให้บริหารจัดการทางการเงินอย่างมีประสิทธิภาพ ทั้งในด้านการบริหารเงินสด การบริหารจัดการหนี้ และการบริหารความเสี่ยง
7. ใช้เทคโนโลยีและนวัตกรรมในการพัฒนากระบวนการทำงานภายในองค์กร ทรัพยากรบุคคล และวัฒนธรรมองค์กร เพื่อนำไปสู่การเป็นองค์กรประสิทธิภาพสูง
8. ให้สื่อสารเชิงรุกในรูปแบบต่างๆ กับผู้ใช้บริการ ผู้ได้รับผลกระทบ และกลุ่มผู้มีส่วนได้ส่วนเสียที่สำคัญ เพื่อให้ได้รับรู้และเข้าใจถึงความสำคัญของรถไฟฟ้าขนส่งมวลชน การดำเนินงานขององค์กร และให้การสนับสนุนองค์กร
9. ให้พัฒนาและปรับปรุงระบบแรงจูงใจทั้งในรูปตัวเงินและไม่ใช่ตัวเงิน เพื่อสร้างความเป็นธรรมและสร้างขวัญกำลังใจให้แก่พนักงาน

หมายเหตุ *คณะกรรมการ รฟม. ได้มอบนโยบายเพื่อให้ รฟม. ใช้ประกอบการกำหนดทิศทางขององค์กรที่ชัดเจนและดำเนินงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ เมื่อวันที่ 28 มกราคม 2564